So positiv der Nutzen von Funktechnologien auch ist, leider hat es auch seine Nachteile.
Ein Nachteil bei der Nutzung von Funktechnologien ist die Abhängigkeit von entsprechenden Übertragungssystemen und Empfängern (sogenannten Relaisstationen), wenn man Funktechnologie voll ausschöpfen möchte, d.h. über längere Strecken nutzen möchte (z.B. weltweit). So funktioniert das weltweite Telefonieren, der Empfang von Radiosendern oder Fernsehprogrammen beispielsweise über Satelliten.
Mit dieser Abhängigkeit ist ein weiteres großes Problem der Funktechnologie verbunden, nämlich die große Anfälligkeit für Störfaktoren. Die einzelnen Frequenzen der Funkübertragung können durch äußere Einflussfaktoren wie beispielsweise die Übertragung durch verschiedene Materialien oder die Reflexion an anderen Materialien leicht beeinflusst werden. Aus diesem Grund ist z.B. der Empfangsqualität eines Mobilfunknetzes in Kellerräumen meist schlecht oder gar nicht vorhanden oder der Empfang von Radio- oder Fernsehprogrammen bei der elektrostatisch aufgeladenen Atmosphäre eines Gewitters oft beeinträchtigt.
Eines der größten Probleme der Funktechnik bisher ist die Sicherheit. Vor allem die W-LAN Verbindungen sind bisher noch sehr anfällig und die wenigen Sicherheitsvorkehrungen sind für Profis relativ leicht zu umgehen. Dadurch entsteht die Gefahr, dass Daten abgefangen werden oder schadhafte Daten in das entsprechende Netz eingeschleust werden. Die moderne Funktechnologie arbeitet jedoch an effizienten Möglichkeiten (z.B. komplexen Verschlüsselungen), um diese Eingriffe in die Privatsphäre zu verhindern und die Sicherheit von Funkgeräten zu erhöhen.